На протяжении семи лет здесь преподавались арабский и греческий языки, церковная музыка, догматическое и пастырское богословие. К сожалению, эта школа долго не просуществовала по той причине, что в ее стенах учились, в основном, арабы, получавшие там хорошую образовательную базу, а иерархи, не желавшие усиления арабских позиций внутри Церкви (в то время главенствующую роль в Церкви играли греки), в конце концов добились ее закрытия в 1840 году. И лишь спустя более полувека – в 1899 году – после интронизации Патриарха Мелетия II (Думани), семинария была вновь открыта. Новый Патриарх назначил руководить ее деятельностью епископа Триполи Георгия (Хаддада), ставшего позже Антиохийским Патриархом.
В начале I-ой Мировой войны, в 1914 году, школа вновь была закрыта, но частично восстановила свою деятельность в промежутке между двумя Мировыми войнами после интронизации Патриарха Александра III (Тахана). В 1962 Патриарх Феодосий VI (Абу Рджайли) поручил епископу Латтакийскому Игнатию (Хазиму), ныне действующему Патриарху Антиохии, руководить деятельностью школы. Уровень образования значительно повысился, а студенты, число которых удвоилось, по окончании обучения стали получать степень бакалавра.
Однако все более очевидной становилась необходимость повышения уровня духовного и интеллектуального развития священнослужителей и преподавателей богословских наук. А способ достижения такой цели Церковь видела в учреждении богословского института высшего академического и духовного стандарта. И вот в 1965 году Североамериканская епархия Антоихийской Церкви решает начать финансирование строительства богословского института на Баламандском холме, одно название которого вселяло тепло в сердце каждого православного, принадлежащего Антиохийской Церкви.
10 августа 1966 года Священный Синод Антиохийской Православной Церкви принял решение о закладке первого камня в здании будущего института. Закладку камня совершил 15 августа 1966 года Патриарх Феодосий VI. Преемник Митрополита Башира, Митрополит Филипп, выполняя пожелание своего предшественника, заканчивает строительство института.
Спустя три года, в 1970 году, институт начал свою работу под руководством Митрополита Латтакийского Игнатия (Хазима). 7 октября 1971 года, он был торжественно открыт Париархом Илией IV, в присутствии президента Ливана, членов Священного Синода, представителей правительства и большого количества верующих.
На протяжении 1972 – 1973 академического года деканом института был архимандрит Пантелеимон (Родопулос) (будущий Митрополит Тиролейский и Сирандионский), профессор канонического права в греческом Фессалоникийском Университете. Первый выпуск дипломированных специалистов был приурочен ко дню прп. Иоанна Дамаскина (4 декабря) – особо почитаемого святого института – в 1974 году. 26 февраля 1975 года, президент Ливана издал декрет о признании и государственной аккредитации Баламандского Православного Богословского института.
В начале войны в Ливане университет вынужденно переезжает в Фессалоники. По возвращении студентов из Греции в 1978 году, для руководством деятельности института была создана специальная Синодальная комиссия. В ее состав входили Митрополит Трипольский Илия, Митрополит Хомский Алексис (Абдулкарим), Митрополит Библский и Гор Ливанских Георгий (Кходре). 8 марта 1984 года, в ходе заседания Священного Синода, проходящего в институте, была сформирована новая синодальная комиссия. Она состояла из Митрополита Багдатского Константина (Папа-Стефано), Митрополита Бейрутского Илии (Аудэ) и Митрополита Аккарского Боулоса (Бендали). В 1986 году митрополит Константин вышел из администрации института. В 1987 – 1988 академическом году деканом института назначен архимандрит Павел (Язиги), который 2 октября 2000 года становится Митрополитом Алеппским.
В 1988 году Патриарх, после консультаций с епископами и
ведущими общественными лидерами, принимает решение о
строительстве на Баламандском холме, полностью находящемся
в ведении Антиохийского Патриархата, университета и
университетского городка. В этом учебном заведении было
решено раздвинуть рамки преподавания сугубо религиозных
дисциплин. В состав Баламандского университета, помимо
богословского, вошло довольно большое количество других
факультетов, в недрах которых готовятся специалисты в
области медицины, управления и бизнеса, архитектуры,
искусства и др.