Верховной церковной властью в Албанской Православной Церкви является Святейший Синод, в который входят все правящие епископы, а также титулярный викарный епископ Аполлонийский. Председатель Синода — Архиепископ Тиранский и всей Албании. Архиепископ и епископы избираются Синодом. Синод созывает церковные Соборы. В случае отсутствия председателя его место в Синоде занимает старейший по хиротонии епископ. Если председатель отказывается созывать очередное заседание Синода, оно созывается по прошению 2 членов Синода. Допускается существование титулярных епископов. Синод имеет им же избираемого Генерального секретаря. Рукоположения в священный сан (а также награждения) совершаются лишь с одобрения Синода (ст. 10-23). Первоиерарх Албанской Церкви пользуется всеми правами, предоставляемыми ему каноническими правилами Вселенской Церкви; не менее одного раза в год он обязуется посещать все центры своей Церкви. Ближайшим помощником его является Генеральный секретарь и викарный епископ (ст. 24-28). В Уставе отсутствует раздел, определяющий авторитет и полномочия Поместного Собора.
Епархиальные архиереи пользуются всеми правами, предусмотренными каноническими правилами Вселенской Церкви, в границах своей епархии. Они обязуются всегда находиться в своих епископских резиденциях и так же, как архиепископ, по крайней мере раз в год, объезжать свои епархии, после чего представлять в Святейший Синод отчет о результатах посещений (ст. 29-32). В епархиях имеются архиерейские управления, ведающие церковными делами области от имени епископа (ст. 33-36).
Епархии подразделяются на приходы, окормляемые одним или несколькими священниками, число которых зависит от количества пасомых.
Созданы церковные советы: совет при Святейшем Синоде (состоящий из духовенства и мирян), ведающий вопросами, подотчетными Святейшему Синоду, и экономический совет; приходские городские и сельские; и монастырские советы (ст. 45-59).
Церковный совет избирает кандидатов в священники из клириков данного прихода. Перемещения священников совершается также лишь с согласия церковного совета. Священники являются председателями церковного приходского совета (ст. 37-44).
Все имущество епархий является церковной собственностью. Жалованье духовенству выдается от церковных доходов и дотаций государства (ст. 60-64). Размер окладов определяется теми же критериями, что и при назначении окладов государственным служащим (ст. 89). Помощь клирикам в случае нетрудоспособности оказывает Фонд обеспечения клира (ст. 65-66). Лишаются пенсии лишь те, кто занимается антицерковной или антипатриотической деятельностью (ст. 87). Архиереи по старости определяются Святейшим Синодом на жительство в монастыри, пенсии не получают (ст. 91). Для обучения клира учреждаются духовные школы и читаются лекционные курсы. Для клира и мирян издается религиозный журнал (ст. 67-72). Дисциплинарные меры в каждой епархии принимаются епархиальным духовным судом. Высшей судебной инстанцией является Святейший Синод (ст. 73-80).
