Восстановление монастыря началось в 1995 году. Был построен новымй братский корпус с домашней церковью.
Перед началом военных действий в 1999 году планировалось перенести в монастырь епархиальный центр и развивать здесь активную издательскую деятельность, но дальнейшие трагические события помешали осуществлению этих планов. После прекращения бомбардировок и ухода югославской армии монастырь довольно быстро оказался под защитой немецкого контингента КФОР, и его братия, с Божией помощью, осталась в родной обители. Но все же монастырь понес тяжелую утрату: непосредственно после прихода КФОР экстремисты из Освободительной армии Косово похитили насельника монастыря монаха Харитона Лукича. 8 августа 2000 обезглавленное и изувеченное тело отца Харитона было найдено в захоронении на кладбище одной албанской деревни. При этом голову о. Харитона найти так и не удалось. 12 ноября отпевание монаха-новомученика совершено епископом Рашко-призренским Артемием.
В монастыре продолжали жить и подвизаться восемь насельников. Монахи занимались резьбой по дереву и другими монастырскими послушаниями. Время от времени оставшиеся еще в Призрене православные приезжали в монастырь на Божественную литургию.
17 марта 2004 года во время беспорядков охвативших весь край монастырь был захвачен и сожжен толпой албанцев. Немецкие военнослужащие КФОР просто эвакуировали монахов на свою базу, не оказав нападавшим никакого сопротивления.